Sau sự kiện năm 1975, Vũ Hồng Khanh theo lệnh chính quyền Cách mạng mới đưa đi tập trung học tập cải tạo, dù ông đã 77 tuổi.

Năm 1986 ông được trả tự do và về sống trong tình trạng bị quản thúc tại quê nhà ở làng Thổ Tang, huyện Vĩnh Tường, tỉnh Vĩnh Phúc với người con gái lớn là bà Vũ Thị Được. Đây cũng là quê hương Nguyễn Thái Học. (Một tài liệu khác nói rằng năm 1977 đích thân Bộ trưởng Công an Trần Quốc Hoàn đã vào trại cải tạo để thả sớm Vũ Hồng Khanh vì năm 1943 ông có công can thiệp với tướng Trung Hoa Quốc dân Đảng Trương Phát Khuê thả Lý Thụy - bí danh của Hồ Chí Minh - tại Liễu Châu, Trung Quốc.) Năm 1992, ông được phép vào Thành phố Hồ Chí Minh thăm con gái và con rể.

Ngày 14 tháng 11 năm 1993 ông mất tại quê nhà làng Thổ Tang, huyện Vĩnh Tường, tỉnh Vĩnh Phúc, hưởng thọ 95 tuổi.